Zwei Jahre vor der Eröffnung des neuen Botanischen Gartens in Hamburg Klein Flottbek trafen sich im Dezember 1977 Vertreter aus Politik, Wirtschaft und Wissenschaft, um über die Gründung eines Fördervereins für den Garten zu beraten. 

Vorrangige Ziele des Vereines sollten der schrittweise Ausbau und die Verschönerung des neuen Gartens im Hamburger Westen sein. Nach kurzer Diskussion wurde der Gründungs-Beschluss gefasst, sowie der Name und auch die Ziele des neuen Vereins formuliert und in einer Pressemitteilung bekannt gemacht. Bei der Suche nach einer passenden Wappenpflanze entschied man sich für eine in der Nähe von Kapstadt beheimatete Erdorchidee, die den klangvollen Namen 'Königin des Tafelberges' (lateinisch Disa uniflora) trägt. Dem späteren Technischen Leiter, Alfred Zechmeister, war es erstmals gelungen, dieses botanische Kleinod in den Hamburger Gewächshäusern zur Blüte zu bringen.

Einer gemeinsamen Idee von Loki Schmidt und Hermann Raue, dem damaligen Präsidenten der Hochschule für Musik und Theater folgend, fand im Sommer 1993 das erste Konzert der Reihe 'Musik und Lyrik' statt. Die Besonderheit dieser Konzerte, die stets von Absolventen der Hochschule bestritten wurden, besteht darin, dass sie bis heute in einem Gewächshaus aufgeführt werden. Hier im lichtdurchfluteten Glashaus und inmitten von exotischen Pflanzen können die Konzertbesucher eine ganz besondere Symbiose zwischen Kunst und Natur erleben.

Zu den beim Neubau des Botanischen Gartens nicht realisierten Projekten gehörte eine gastronomische Einrichtung für seine Besucher. Nach mehreren gescheiterten Versuchen der Universität, einen geeigneten Bauherrn und Betreiber zu finden, bot die Gesellschaft ihre Hilfe an. Durch großzügige Unterstützung verschiedener Sponsoren und unter maßgeblicher finanzieller Beteiligung der Gesellschaft konnte 2003 eine kleine Cafeteria gebaut werden. Die Gesellschaft ist Eigentümer des Cafés und konnte mit den Pachteinnahmen schon viele weitere schöne Projekte im Garten realisieren. Vor kurzem konnte die Hamburger Firma Schmidt & Schmidtchen als neuer Pächter gewonnen werden und aus dem ehemaligen 'Café Palme' ist nun das 'Café Schmidtchen Palme' geworden.

Dank großzügiger Unterstützung durch verschiedene Sponsoren konnte im Jahre 2002 ein eigener Pavillon für die Grüne Schule gebaut werden. Wenig später hatten auch die jahrelangen Bemühungen zur Schaffung einer Lehrerstelle im Botanischen Garten Erfolg und der erste Gartenpädagoge konnte seine Tätigkeit aufnehmen. Heute hat sich die Grüne Schule mit dem Pflanzenabholprogramm als Bestandteil des Botanischen Gartens und der Hamburger Bildungslandschaft fest etabliert. Unterrichtsgänge für Schulklassen und Erwachsene, Fortbildungen für Lehrende und ein inzwischen online buchbares, kostenfreies Angebot von rund 50 Bestellartikeln für den Schulunterricht stehen auf dem Programm. Schulen erhalten so Unterrichtsanregungen und Pflanzenmaterial, das auf dem freien Markt kaum verfügbar ist.

Die Vorgeschichte des 2005 eröffneten Wüstengartens ist eng mit der Internationalen Gartenbauausstellung 2003 in Rostock verbunden. Verschiedene Elemente des Wüstengartens, insbesondere die blauen Glaspyramiden, waren in Rostock Teil des Nationengartens der Vereinigten Arabischen Emirate. Nach dem Ende der IGA hat sich der Botanische Garten mit einem überzeugenden Konzept erfolgreich um die Übernahme der Pyramiden beworben und von den Vereinigten Arabischen Emiraten den Zuschlag für eine großzügige finanzielle Zuwendung für den Aufbau eines neuen Wüstengartens erhalten. Hier haben die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Botanischen Instituts der Universität Hamburg, in dem seit Jahrzehnten sehr aktiv über Wüstenpflanzen und ihre Lebensräume geforscht wird, die Möglichkeit, die Gartenbesucher über die hochaktuellen Aspekte des Themas Wüstenbildung zu informieren

Zwei Jahre nach ihrem Tod wurde der Botanische Garten nach seiner langjährigen Förderin und Ideengeberin in 'Loki-Schmidt-Garten' umbenannt. Eine Ehrentafel am Haupteingang und eine Büste des Bildhauers Manfred Sihle-Wissel erinnern an das Leben und Wirken der Namensgeberin als leidenschaftliche Naturschützerin, Botanikerin, Lehrerin und Ehefrau des Altbundeskanzlers Helmut Schmidt.

Nachdem sich das Wissen über die Evolution und Phylogenie der Pflanzen durch die Einführung moderner molekularbiologischer Methoden grundlegend geändert hatte, entschloss sich die Gartenleitung für den Bau einer neuen Systemanlage. Mit dem neuen 'System', das 2013 als so genannte 'Phylogenetische Uhr' eröffnet wurde, beschritt man gestalterisch völlig neue Wege. Während frühere Systeme oft aus einer großen Zahl tabellarisch aufgereihter Beete bestanden und bei vielen Besuchern auf geringe Akzeptanz stießen, verzichtet das neue System auf jegliche Formalisierung der Pflanzflächen. Stattdessen wurde eine Anlage geschaffen, die sich durch eine große Vielfalt an grünen 'Erlebnisräumen' auszeichnet. Finanziert wurde die Anlage durch finanzielle Zuwendungen der Universität und der Gesellschaft.

Das jüngste von der Gesellschaft geförderte Projekt war die Neugestaltung des im Sommer 2021 wiedereröffneten Rosengartens. Der Umbau war notwendig geworden, weil sich im alten Rosengarten eine zunehmende 'Bodenmüdigkeit' mit entsprechenden Folgeschäden an den Pflanzen gezeigt hat. Durch großzügige finanzielle Zuwendungen von der Mathias-Tantau-Stiftung, der Universität Hamburg und der Gesellschaft konnte ein neues Konzept für den Rosengarten realisiert werden, dass bei den Besuchern eine sehr positive Resonanz findet. Im Rahmen der Eröffnung des Rosengartens wurde eine neue Rosensorte auf den Namen 'Loki' getauft.